Ploniarka zbożówka jest szkodnikiem, którego larwy żerują wewnątrz młodych roślin, uszkadzając stożek wzrostu, co prowadzi do żółknięcia i zamierania tzw. sercowego liścia. Porażone rośliny krzewią się nadmiernie, wykształcając niskowartościowe pędy, co znacząco obniża obsadę kłosów i końcowy plon. Szkodnik rozwija zazwyczaj 2-3 pokolenia w roku, a naloty dorosłych muchówek są szczególnie niebezpieczne dla wschodzących zbóż jarych oraz wczesnych zasiewów kukurydzy. Zagrożenie jest największe na polach o opóźnionych siewach, gdzie rośliny są dłużej narażone na ataki larw w najbardziej wrażliwych fazach rozwojowych.